La faune marine d'intérêt communautaire :
Deux espèces animales marines inscrites à l'annexe II de la Directive habitats ont été recensées sur le site :
* La Tortue Caouanne
* Le Grand Dauphin
Les habitats naturels marins d'intérêt communautaire et prioritaire
L'Herbier de Posidonie
Il est présent en continuité sur le littoral du site de la Pointe Fauconnière. Il débute dès les faibles profondeurs, en bordure des roches et des falaises littorales où il est présent en placage sur le substrat rocheux, et se poursuit jusque vers 30 à 33 m de profondeur.
Les récifs
Composés de plusieurs habitats, de la roche supralittorale (située au dessus du niveau de la mer), au Coralligène, présent sur le site sous la forme de massifs et de tombants.
Les bancs de sable à faible couverture permanente d'eau marine
Egalement composés de plusieurs habitats, des sables grossiers et fins graviers brassés par les vagues (habitat présent uniquement dans la calanque de Port d'Alon), aux galets infralittoraux (quelques petites zones inventoriées dans les anses du resquilladou, de Nation et de la Moutte).
Les replats boueux ou sableux exondés à marée basse
Encore une fois, plusieurs habitats dans cette catégorie, de la haute plage qui n'est humectée par la mer que lors des tempêtes, aux sédiments de la moyenne plage composée de graviers et galets, en passant par les petites banquettes de posidonie de la calanque de Port d'Alon.
Les grottes marines submergées ou semi-submergées
Les grottes médiolittorales, situées au niveau de la mer actuel, et les grottes semi-obscures, habitat parfois imbriqué dans le coralligène.
